Ces associations sont plus ou moins actives selon les bonnes volontés dont elles disposent et le niveau de motivation de leurs adhérents. (Cette liste est incomplète. N’hésitez pas à demander des ajouts ou des rectifications souhaitables).

 Commission de Protection des Eaux, du Patrimoine, de l’Environnement, du Sous-sol et des Chiroptères de Franche-Comté est aussi appelée plus communément Commission de Protection des Eaux de Franche-Comté (CPEPESC-FC ou CPE-FC) : http://www.cpepesc.org/

 Franche-Comté Nature Environnement (FCNE) (fédération régionale) : page web sur le site de la MEFC

 Association ATHENAS, centre UFCS Franche-Comté/Bourgogne Est (RECUEILLIR POUR SOIGNER, REHABILITER ET RELÂCHER DES INDIVIDUS DE LA FAUNE EUROPEENNE DANS L’INTERET DES ESPECES)http://www.athenas.fr/

 Maison de l’Environnement de Franche-Comté (MEFC) (Association de gestion de la MEFC) : http://www.maison-environnement-franchecomte.fr/

 LPO Franche-Comté (Le Groupe Naturaliste de Franche-Comté (GNFC) est devenu LPO Franche-Comté au 1er janvier 2007) : http://franche-comte.lpo.fr page web sur le site de la MEFC

 Collectif Saône et Doubs Vivants Sundgau Vivant (SDVSV) : site web page web sur le site de la MEFC

 Conservatoire régional des espaces naturels de Franche-Comté (CREN-FC) : page web sur le site de la MEFC

 Office pour les insectes et leur environnement (O.P.I.E.) de Franche-Comté. site de l’OPIE http://www.insectes.org/opie/monde-des-insectes.html et particulièrement page : http://www.insectes.org/opie/agenda-franche-comte.html

 Association Jurassienne pour la diffusion des Energies Alternatives (AJENA) : http://www.ajena.org/ page web sur le site de la MEFC

 Association Belfortaine d’étude et de Protection de la Nature (ABPN) : http://abpn90.over-blog.com/

 Doubs Nature Environnement (DNE) Fédération des Associations du Doubs : site web page web sur le site de la MEFC

 Jura Nature Environnement (JNE) Fédération des Associations du Jura : fdej.jne @ freesbee.fr

 Plateforme franco-suisse pour le Doubs : http://www.plateforme-doubs.org/

 ANPER TOS "SOS DESSOUBRE" : http://sosdessoubre.free.fr/Accueil.html

 Loue Vive (association de mise en valeur et de protection de la vallée de la Loue) : http://louevive.free.fr/

 Société d’histoire naturelle du Pays de Montbéliard (association de connaissance sur les sciences naturelles du secteur de Montbéliard) : site web

 Groupe Tétras Jura (GTJ) (Association pour la protection du grand tétras et de la gélinotte des bois, membres P N R du Haut Jura, ONF, ONCFS, des associations de protection de la nature, des fédérations chasseurs, des réserves naturelles, des naturalistes) : http://www.groupe-tetras-jura.org/